La provincia de Pedernales fue creada el 16 de diciembre del ańo 1957 y lleva el nombre del rió principal de la region.
Antes de la conquista de la isla por los europeos, algunos grupos nativos vivían cerca de la costa y del rio Pedernales.
Hasta el siglo 20, las únicas personas que vivían en la región eran haitianos.
Durante la Guerra Dominica-Haitiana (1844-1856), los soldados haitianos cruzaban por la región aprovechando que no habían soldados Dominicanos.
El único enfrentamiento entre soldados de ambos países en el territorio de la actual provincia ocurrió el 6 de enero del 1856 proximo a la Bahia El Can, cerca del poblado de juancho.
Desde épocas coloniales, el territorio era considerado como parte de la provincia de Azua, hasta que paso a ser parte de Barahona cuando esta pasó a ser una provincia en 1881.
La provincia de Pedernales fue creada en el 1957 con los municipios de Pedernales, como capital provincial y Oviedo.
Juancho pasó a ser un distrito municipal en el 1998 y el José Francisco Peńa Gómez en el 2005.
